In de oorlog komt de competitie binnen het Brabantse Schaakverbond al snel stil te liggen. De ambitie daarvoor verdwijnt grotendeels en men vindt het te gevaarlijk om nog verre reizen te ondernemen. Voor de Schakers hier te plaatse is het op en neer pendelen tussen Dongen en Rijen ook niet meer zonder risico gezien de nabijheid van het militair vliegveld. De Rijenaren wordt daarom vaarwel gezegd, zij richten een eigen verenging op en noemen haar "Caissa," naar de godin van het schaakspel. Dit betekent dus het afscheid van het café 't Hoekske waar men jarenlang een goed, zij het primitief onderkomen vond. J. Schilders verhaalt van een schaakavond waarop de hele meute hals over kop naar buiten moest vluchten omdat de vlammen vervaarlijk uit de oude oliekachel sloegen. Het liep gelukkig met een sisser af.
Ondanks de trieste oorlogsjaren, het afscheid van een aantal naburige schaakvrienden en het stilvallen van de externe competitie, blijft het Dongense schaakleven intact. Voor velen is DSC een lichtpuntje daar men althans nog eenmaal per week achter het schaakbord de gedachten van de grauwe werkelijkheid kan afwenden. Zo kan het gebeuren dat in het Wapen van Dongen een 25 tal niets vermoedende schakers opgaat in het spel, terwijl de Duitsers enkele deuren verderop een razzia beginnen.
In 1942 worden de onderbonden door de bezetter opgeheven, verenigingen moeten zich rechtstreeks bij de KNSB aansluiten. Enkele afgescheiden Bredase en onder andere Caissa vinden hierdoor de weg terug naar de Nederlandse bond. DSC blijft gedurende de oorlog echter ongeorganiseerd. Incidenteel wordt een wedstrijd tegen andere schakers gespeeld, ondermeer tegen de oude bekenden uit Rijen.
Nadat de Duitsers in 1944 uit Brabant zijn verdreven komt het plaatselijk schaakleven tijdelijk een beetje als los zand aan elkaar te hangen: de mensen hebben wel wat anders aan hun hoofd. Eind 1945, alle schermutselingen behoren nu definitief tot het verleden, is de tijd rijp om zich te hergroeperen. De drukker krijgt een order voor 500 convocaties, met een schaakclub uit de omgeving wordt alvast een vriendschappelijke ontmoeting gearrangeerd. In 1946 treedt DSC weer toe tot de Noord-Brabantse Schaakbond waar zij met 1 team in de tweede klasse wordt ingedeeld.
De oorlog heeft duidelijk zijn sporen nagelaten. De oude garde is grotendeels verdwenen: verhuisd, naar Caissa of anderszins verschwunden. De nieuwe 'harde kern' doet haar best om het élan van de vooroorlogse jaren te hervinden. Zij bewijst nog wel degelijk over organisatietalent te beschikken, door in 1947 het jeugdkampioenschap van Nederland naar Dongen toe te halen. Gedurende 10 dagen wordt in het Wapen van Dongen gespeeld, winnaar wordt de latere schaakmeester F. Kuypers. Veel publiciteit levert deze, in die tijd nog onofficiële wedstrijd niet op.
Meer bekendheid wordt gegeven aan het bezoek dat Euwe in 1949 ter gelegenheid van het zilveren jubileum brengt, blijkens het hiernavolgende, glorieuze verslag van deze ware happening.